Tiga puluh tahun yang lalu, kemunculan tiba-tiba makhluk asing invasif yang tidak diketahui hampir membawa kiamat.
Sejak itu, umat manusia dan makhluk-makhluk ini, yang dikenal sebagai Spesies Invasi, terus berselisih mengenai wilayah kehidupan. Meskipun keselamatan manusia hampir tidak dapat dipertahankan, dunia masih berada di ambang kehancuran. Ketika ancaman kematian dan kehancuran masih ada, masyarakat menjalani kehidupan sehari-hari dengan berpaling dari bahaya yang terus-menerus terjadi di sekitar mereka. Sebagai tanggapan, Perserikatan Bangsa-Bangsa membentuk EXCEEDS, sebuah organisasi yang bertugas menyelidiki dan memerangi ancaman yang disebabkan oleh Spesies Invasi.
Ceritanya dimulai di negara kepulauan Mizuho di Timur Jauh, tempat Shiina Kuze, seorang pemburu muda yang memusnahkan spesies invasif, tinggal di sebuah pulau terpencil. Menginginkan kehidupan yang tenang bersama keluarga satu-satunya—adik perempuannya, Setsuna—rutinitas Shiina terganggu ketika insiden tak terduga terjadi, menariknya ke dalam konflik yang jauh lebih besar.
