Mahasiswa baru sekolah menengah Houtarou Oreki hanya memiliki satu tujuan: menjalani kehidupan abu-abu sambil menghemat energi sebanyak yang dia bisa. Sayangnya, hari-hari damainya berakhir ketika kakak perempuannya, Tomoe, memaksanya untuk menyelamatkan Klub Klasik tanpa anggota dari pembubaran.
Untungnya, kesulitan Oreki tampaknya sudah berakhir ketika dia pergi ke ruang klub dan menemukan bahwa sesama tahun pertamanya, Eru Chitanda, telah menjadi anggota. Namun, meskipun kewajibannya terpenuhi, Oreki mendapati dirinya terjerat oleh kepribadian Chitanda yang penasaran dan ceria, segera bergabung dengan klub atas kemauannya sendiri.
Hyouka mengikuti empat anggota Klub Klasik—termasuk teman Oreki, Satoshi Fukube dan Mayaka Ibara—saat mereka, didorong oleh rasa ingin tahu Chitanda yang tak pernah terpuaskan, memecahkan misteri sepele namun menarik yang merembes ke kehidupan sehari-hari mereka.
