Di Academy City, tempat kemampuan supranatural menjadi bagian dari sains sehari-hari, kedamaian kota dijaga oleh kekuatan tersembunyi—sisi gelap kota. Salah satu kelompok operasi rahasia tersebut adalah ITEM, sebuah unit elite beranggotakan empat orang. Berbekal kemampuan pelacakan Rikou Takitsubo, keahlian peledak Frenda Seivelun, pertahanan tak tertembus Saiai Kinuhata, serta kekuatan dahsyat Shizuri Mugino—salah satu dari tujuh esper Level 5 di Academy City—mereka bergerak di dunia bawah tanah kota itu, menjalankan misi-misi rahasia yang tak pernah terungkap ke publik.
Saat menjalankan tugas terbaru mereka, tim ini bergerak dengan presisi, tanpa menyadari bahwa tindakan mereka tengah memicu sebuah tragedi yang akan menguji ikatan kepercayaan, persahabatan, dan kemampuan mereka untuk bertahan hidup di tengah kegelapan Academy City yang kejam.
