Tsubasa Kazanari dan Kanade Amou—duo idola yang dikenal sebagai Zwei Wing—menggunakan lagu mereka untuk menggerakkan senjata kuno yang dikenal sebagai “symphogears” untuk memerangi ras alien mematikan yang disebut “Noise.” Sementara masyarakat umum mengetahui keberadaan Noise, pengetahuan tentang symphogear dirahasiakan. Ketika Kebisingan menyerang salah satu konser Zwei Wing, Kanade mengorbankan dirinya untuk melindungi seorang gadis muda bernama Hibiki Tachibana, membuat Tsubasa hancur dan sebagian dari simfogearnya tertanam di dalam Hibiki.
Dua tahun berlalu dan Hibiki sekali lagi terseret ke dalam serangan Kebisingan. Saat menyelamatkan seorang gadis muda yang tertinggal selama evakuasi, dia membangkitkan kekuatan symphogear Kanade yang tergeletak di dalam dirinya. Meskipun Tsubasa masih berduka atas kehilangan Kanade, kedua gadis itu sekarang harus belajar bekerja sama menggunakan kekuatan mereka untuk membela kemanusiaan melawan Kebisingan.