Setelah setahun di Amerika, Kurisu Makise kembali ke Akihabara dan bertemu kembali dengan Rintarou Okabe. Namun, reuni mereka terhenti ketika Okabe mulai mengalami kilasan berulang dari garis waktu lain sebagai konsekuensi dari perjalanan waktunya mulai terlihat. Efek samping ini akhirnya mencapai puncaknya pada Okabe yang tiba-tiba menghilang dari dunia, dan hanya Kurisu yang terkejut yang memiliki ingatan akan keberadaannya.
Di tengah keputusasaan, Kurisu dihadapkan pada pilihan yang sangat sulit yang akan menguji tugasnya sebagai ilmuwan dan kesetiaannya sebagai teman: mengikuti saran Okabe dan menjauhi perjalanan melintasi waktu untuk menghindari konsekuensi potensial di dunia, atau mengabaikannya untuk menyelamatkan orang yang paling dia sayangi. Terlepas dari keputusannya, jalan yang dipilihnya adalah jalan yang akan mempengaruhi masa lalu, masa kini, dan masa depan.
