Akira Toudou, seorang siswa SMA yang tinggal di Okinawa bagian utara, menjalani kehidupan yang damai bersama ibu dan kakak perempuannya, Haruka. Namun, di balik kehidupan damai itu tersimpan sebuah rahasia keluarga: Haruka mewarisi kekuatan misterius dari ayah mereka—yang hanya dikenal sebagai “Engine”—dan selama ini ia menyembunyikan kekuatan tersebut dari orang lain. Di sisi lain, Akira tidak mewarisi apa pun; ia pun memendam rasa rendah diri akibat kelemahannya sendiri.
Kemudian, berbagai peristiwa aneh mulai terjadi di seluruh dunia. Apa sebenarnya tujuan musuh tak dikenal yang kian mendekati Akira dan teman-temannya? Kini, dengan nasib alam semesta yang menjadi taruhannya, sang adik yang tak memiliki kekuatan apa pun dan sang kakak yang memiliki segalanya harus mencari tahu apa yang sebenarnya bisa mereka lakukan saat berjuang bersama.
