Tiga siswi SMA—Hikaru Shidou yang bersemangat tinggi, Umi Ryuuzaki yang angkuh, dan Fuu Hououji yang lembut—baru saja bertemu di Tokyo Tower ketika mereka mendengar seruan minta tolong yang menarik mereka ke dunia lain. Mereka segera disambut oleh Guru Clef, seorang pria berpenampilan muda yang memberi tahu bahwa mereka adalah Magic Knight legendaris yang dipanggil oleh Putri Emeraude untuk menyelamatkan negeri ajaib bernama Cephiro.
Sementara Hikaru merasa antusias dengan hal ini, Umi dan Fuu justru hanya ingin kembali ke dunia asal mereka. Sayangnya, Clef menjelaskan bahwa mereka tidak bisa pulang sebelum berhasil menyelamatkan Cephiro dan melenyapkan monster-monster yang mengancam negeri itu. Untuk mewujudkannya, mereka harus menyelamatkan Putri Emeraude dari cengkeraman Lord Zagato yang sangat kuat. Agar memiliki peluang untuk mengalahkannya, mereka harus membangkitkan sosok misterius yang disebut Rune God.
Saat Clef menganugerahkan zirah dan kekuatan sihir kepada ketiganya, salah satu anak buah Zagato menyerang. Hal ini memaksa sang guru untuk mengirim mereka menemui Presea, seorang ahli pembuat senjata, serta Mokona, makhluk pemandu yang menyerupai kelinci, agar mereka mendapatkan perlengkapan yang lebih memadai untuk perjalanan mereka. Meski perjalanan masih panjang, Hikaru, Umi, dan Fuu akan membuktikan bahwa mereka memiliki kemampuan yang dibutuhkan untuk mengemban gelar Magic Knight dan membawa keselamatan bagi Cephiro.
