Pada awal abad ke-21, sihir, yang telah lama dianggap sebagai cerita rakyat dan dongeng, telah menjadi teknologi yang sistematis dan diajarkan sebagai keterampilan teknis. Di First High School, lembaga pesulap, siswa dipisahkan menjadi dua kelompok berdasarkan nilai ujian masuk mereka: “Blooms,” mereka yang menerima nilai tinggi, ditugaskan ke Kursus Pertama, sementara “Weeds” adalah siswa cadangan yang ditugaskan ke Kursus kedua.
Mahouka Koukou no Rettousei mengikuti saudara kandung, Tatsuya dan Miyuki Shiba, yang terdaftar di Sekolah Menengah Pertama. Setelah mengikuti ujian, Miyuki yang luar biasa ditempatkan di Kursus Pertama, sementara Tatsuya diturunkan ke Kursus Kedua. Meskipun nilai ujian praktik dan statusnya sebagai “Weed” menunjukkan bahwa dia tidak kompeten secara magis, dia memiliki pengetahuan teknis yang luar biasa, kemampuan bertarung fisik, dan teknik sihir yang unik—membuat Tatsuya menjadi yang tidak biasa di sekolah menengah sihir.
