Sudah satu abad sejak “keajaiban sejati”—yang awalnya dianggap hanya cerita rakyat dan legenda—telah menjadi teknologi yang lumrah di seluruh dunia. Sekolah Menengah Afiliasi Universitas Sihir Nasional Pertama (SMA Pertama), salah satu dari sembilan akademi sihir di Jepang, mengakui dua saudara kandung yang terampil — Miyuki dan Tatsuya Shiba — ke dalam akademi. First High membagi siswanya menjadi dua kelompok, Kursus 1 dan Kursus 2, berdasarkan nilai ujian masuk. Hal ini menyebabkan penghinaan yang nyata bagi siswa Jalur 2, karena mereka diberi label “Weeds” oleh siswa Jalur 1, yang secara alternatif menyebut diri mereka “Bloom”.
Tatsuya diterima di Jalur 2, sedangkan saudara perempuannya Miyuki bergabung dengan Jalur 1 sebagai siswa teladan. Miyuki ingin menunjukkan First High bahwa, meskipun kakaknya dicap tidak kompeten, dia adalah salah satu penyihir terbaik di seluruh dunia.
Mahouka Koukou no Yuutousei menceritakan kembali kisah Mahouka Koukou no Rettousei dari sudut pandang Miyuki dan karakter wanita lainnya.
