Setelah banyak kesulitan dalam hidupnya, Chise Hatori berakhir di pelelangan, di mana dia dibeli dan kemudian dibebaskan oleh Penyihir Duri terkenal, Elias Ainsworth, hanya untuk tinggal dan menjadi muridnya. Meskipun hidupnya indah sekarang, kedatangan sebuah buku bergambar, “Bintang Kecil yang Kesepian”, membawa kembali kenangan akan masa-masa sulit itu dan kesepian yang dia alami.
Sebagai seorang anak, Chise mengalami tragedi besar: kematian ibunya. Dijauhi dan tidak diinginkan oleh teman sebaya dan kerabat, dia telah menjalani kehidupan yang terpisah dan menyedihkan. Namun, penemuan tak terduga dari perpustakaan misterius di hutan memberinya tempat pelipur lara sementara. Melalui membaca buku yang tak terhitung jumlahnya dan menghabiskan waktu dengan pustakawan yang baik hati, Chise perlahan mulai merasa tidak sendirian di dunia ini. Tapi bisakah perpustakaan aneh ini memiliki sisi yang lebih gelap?
