Dua tahun telah berlalu sejak berakhirnya Perang Besar Ninja Keempat. Konohagakure tetap dalam keadaan damai dan harmonis—sampai Hokage Keenam Kakashi Hatake menyadari bahwa bulan sedang mendekati Bumi secara berbahaya, menimbulkan ancaman kehancuran planet.
Di tengah cobaan berat, Konoha diserang oleh kejahatan baru, Toneri Oosutuski, yang tiba-tiba menculik adik perempuan Hinata Hyuuga, Hanabi. Kakashi mengirimkan tim ninja terampil yang terdiri dari Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai, dan Hinata dalam upaya menyelamatkan Hanabi dari cengkeraman jahat Toneri. Namun, selama misinya, tim menghadapi beberapa kendala yang menantang mereka, sehingga menggagalkan upaya mereka.
Dengan penculikannya, hubungan yang dimiliki tim satu sama lain diuji, dan ketika dunia berada di ambang kehancuran, mereka harus berpacu dengan waktu untuk memastikan keamanan planet mereka. Sementara itu, saat pertarungan terjadi, Naruto terdorong untuk memperjuangkan sesuatu yang lebih besar dari yang pernah dia bayangkan—cinta.
