Melepaskan serangan mendadak yang dahsyat, para ninja terbang dari Negeri Langit berusaha membalas dendam terhadap musuh lama mereka, Konohagakure. Meskipun keinginannya untuk bergabung dalam pertarungan, Naruto Uzumaki ditahan oleh Shinnou, seorang dokter misterius yang membutuhkan bantuannya untuk menyelamatkan orang yang terluka. Saat mengantarkan orang yang terluka ke rumah sakit, Naruto bertemu secara tak terduga dengan Amaru—seorang pemuda badai dari desa tetangga yang putus asa mencari bantuan Shinnou.
Sementara itu, saat penjajah mundur untuk memulihkan kekuatan mereka, Tsunade memanfaatkan kesempatan untuk mengirimkan tim kecil termasuk Sai, Shikamaru Nara, dan Kakashi Hatake untuk menghancurkan markas mereka. Secara bersamaan, dia menugaskan Naruto, Sakura Haruno, dan Hinata Hyuuga untuk menemani Shinnou dan Amaru dalam perjalanan mereka. Namun, selama ini, Orochimaru memiliki rencananya sendiri: dia memerintahkan Sasuke untuk membawakannya dokter yang berspesialisasi dalam teknik reinkarnasi.
Ketika kelompok pengawal secara tidak sengaja mengungkap kebenaran mengerikan di balik serangan tersebut, rencana yang penuh gejolak pun mulai terjadi. Tetapi bahkan ketika dihadapkan pada pertemuan kembali yang tidak terduga, Naruto tidak goyah dalam usahanya untuk mengakhiri peperangan dan dampak buruknya.
