Sekembalinya ke Konohagakure, ninja muda tersebut merayakan kemenangannya terhadap sekelompok anggota Akatsuki. Namun Naruto Uzumaki dan Sakura Haruno merasakan hal yang berbeda. Naruto iri dengan keluarga ucapan selamat rekan-rekannya, mengharapkan kehadiran orang tuanya sendiri. Sakura, di sisi lain, marah pada orang tuanya yang memalukan, dan tidak menginginkan orang tua sama sekali. Keduanya berbenturan karena cita-cita mereka yang berlawanan, namun dihadapkan pada masalah yang lebih mendesak ketika Madara Uchiha yang bertopeng tiba-tiba muncul dan memindahkan mereka ke dunia alternatif.
Di dunia ini, orang tua Sakura dianggap sebagai pahlawan—karena mereka memberikan nyawanya untuk melindungi Konohagakure dari serangan Rubah Ekor Sembilan 10 tahun lalu. Akibatnya, orang tua Naruto, Minato Namikaze dan Kushina Uzumaki, masih hidup dan sehat. Tidak dapat kembali ke rumah atau menemukan Madara bertopeng, Naruto dan Sakura tinggal di dunia baru ini dan menikmati perubahan yang selalu mereka rindukan. Segalanya tampak baik-baik saja bagi kedua ninja tersebut, sampai muncul ancaman tak terduga yang mendorong Naruto dan Sakura untuk tidak hanya bertarung demi Konohagakure di dunia alternatif, tetapi juga menemukan jalan kembali ke dunia mereka sendiri.
