Dukun adalah individu luar biasa dengan kemampuan untuk berkomunikasi dengan hantu, roh, dan dewa, yang tidak terlihat oleh orang biasa. The Shaman Fight — turnamen bergengsi yang mengadu domba dukun dari seluruh dunia melawan satu sama lain — diadakan setiap lima ratus tahun, di mana pemenangnya dinobatkan sebagai Shaman King. Gelar ini memungkinkan pemegang jabatan saat ini untuk memanggil Roh Agung dan membentuk dunia sesuai keinginan mereka.
Menemukan dirinya terlambat untuk kelas pada suatu malam, Manta Oyamada, seorang siswa sekolah menengah biasa, memutuskan untuk mengambil jalan pintas melalui pemakaman setempat. Menyadari dia, seorang anak laki-laki yang duduk sendirian di atas batu nisan mengundang Manta untuk melihat bintang bersama “mereka”. Menyadari bahwa “mereka” mengacu pada anak laki-laki itu dan teman-temannya yang hantu, Manta melarikan diri dari teror. Kemudian, bocah itu memperkenalkan dirinya sebagai You Asakura, seorang Shaman-in-training, dan mendemonstrasikan kekuatannya dengan bekerja sama dengan hantu samurai berusia enam ratus tahun Amidamaru untuk menyelamatkan Manta dari sekelompok preman. Anda berteman dengan Manta karena kemampuannya untuk melihat roh, dan dengan bantuan Amidamaru, mereka berangkat untuk mencapai tujuan Anda menjadi Raja Dukun berikutnya.
