Di luar, penjahat otome Liselotte tampak busuk dalam segala hal, karakter yang murni jahat. Namun, seperti terungkap dalam buku hariannya, dia selalu menyembunyikan rasa sakit dan perasaannya yang sebenarnya terhadap Pangeran Siegward. Sementara dia menguncinya, seorang penyihir jahat akhirnya merasukinya, yang menyebabkan kematiannya — akhir yang tragis bagi penjahat tsundere. Beginilah ceritanya selalu, akhir yang dikodekan ke dalam game MagiKoi.
Anggota klub penyiaran Aoto Endou dan Shihono Kobayashi memutuskan untuk memainkan permainan ini. Di alam semesta lain, Pangeran Siegward mendengar suara mereka, mempercayainya sebagai wahyu ilahi dari dewa dan dewi. Suara-suara ini memberi petunjuk kepadanya tentang sesuatu yang tidak pernah dia sadari sebelumnya: Liselotte sebenarnya sangat menggemaskan!
Tidak ada reset dalam game ini, dan hanya satu kesempatan untuk mengubah masa depan penjahat naas. Di tahun-tahun mendatang, kedua entitas ini, yang akan membimbing negara menuju kemakmuran dan kebesaran, akan dikenal sebagai permainan demi permainan Endou dan komentator warna Kobayashi!
