Dalam waktu dekat, kenaikan air laut secara tiba-tiba dan tidak dapat dijelaskan telah menyebabkan sebagian besar peradaban manusia berada di bawah air. Ikaruga Natsuki, seorang anak laki-laki yang kehilangan ibu dan kakinya dalam kecelakaan beberapa tahun sebelumnya, kembali dengan kekecewaan dari kehidupan yang keras di kota besar dan menemukan rumah lamanya di pedesaan setengah ditelan oleh laut. Ditinggal tanpa keluarga, yang ia miliki hanyalah kapal dan kapal selam yang ditinggalkan oleh nenek ahli kelautannya, dan hutang-hutangnya.
Satu-satunya harapannya untuk memulihkan impian masa depannya yang telah hilang adalah dengan mengambil kesempatan yang diberikan kepadanya oleh penagih utang yang mencurigakan, Catherine. Mereka berlayar untuk mencari reruntuhan laboratorium neneknya yang tenggelam untuk menemukan harta karun yang menurut rumor dia tinggalkan dari sana. Namun yang mereka temukan bukanlah kekayaan atau permata; itu adalah gadis aneh yang tertidur di peti mati di dasar laut. Atri.
Atri adalah robot, namun penampilan dan kekayaan emosinya akan membodohi siapa pun dengan mengira dia adalah manusia yang hidup dan bernapas. Sebagai rasa terima kasih karena telah diselamatkan, dia membuat pernyataan kepada Natsuki: "Aku ingin memenuhi perintah terakhir tuanku. Sampai aku melakukannya, aku akan menjadi kakimu!"
Di sebuah kota kecil yang perlahan diselimuti oleh lautan, musim panas yang tak terlupakan akan segera dimulai bagi anak laki-laki dan gadis robot misterius ini...
