Di permukaan, SMA Koudo Ikusei adalah sebuah utopia. Para siswa menikmati jumlah kebebasan yang tak tertandingi, dan peringkatnya tinggi di Jepang. Namun, kenyataannya kurang dari ideal. Empat kelas, A sampai D, diberi peringkat berdasarkan prestasi, dan hanya kelas atas yang menerima perlakuan yang baik.
Kiyotaka Ayanokouji adalah siswa Kelas D, di mana sekolah itu membuang yang terburuk. Di sana ia bertemu dengan Suzune Horikita yang tidak ramah, yang percaya bahwa dia ditempatkan di Kelas D karena kesalahan dan ingin naik sampai ke Kelas A, dan idola kelas yang tampaknya ramah Kikyou Kushida, yang bertujuan untuk mendapatkan teman sebanyak mungkin.
Sementara keanggotaan kelas bersifat permanen, peringkat kelas tidak; siswa di kelas berperingkat lebih rendah dapat naik peringkat jika mereka mendapat skor lebih baik daripada mereka yang berada di peringkat teratas. Selain itu, di Kelas D, tidak ada batasan tentang metode apa yang dapat digunakan untuk maju. Di sekolah kejam ini, dapatkah mereka menang melawan rintangan dan mencapai puncak?
