Setelah perang mengerikan mendatangkan malapetaka pada masyarakat umum, pemerintah dunia beralih ke taktik yang lebih sulit dipahami untuk melanjutkan agenda mereka — perang yang dilakukan dalam bayang-bayang.
Lily, seorang gadis cantik dengan kunci putih, adalah seorang siswa di salah satu dari banyak institusi yang melatih pemuda menjadi mata-mata yang cakap. Sayangnya, meskipun mendapat nilai bagus dalam ujian tertulis, dia hanya berhasil lulus praktiknya. Tanpa keterampilan dunia nyata untuk dibicarakan, harapannya untuk lulus sangat suram — sampai dia ditawari kesempatan untuk bergabung dengan tim misterius "Tomoshibi" dan ikut serta dalam Misi yang Tidak Dapat Dilewati.
Bersemangat dengan prospek bekerja dengan elit, Lily dengan antusias menerimanya. Namun, dia menjadi bisu ketika dia tiba di Istana Kagerou dan tujuan sebenarnya dari Tomoshibi dan situasi tanpa harapan terungkap. Bergabung dengan mata-mata wanita bermasalah lainnya bersama dengan seorang pria muda misterius yang memimpin operasi, Lily menyadari bahwa ini bukanlah petualangan ideal yang dia bayangkan.
